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I protocolli applicati in Italia sono generalmente quelli elaborati dall’Osservatorio Nazionale sull’Identità di Genere (ONIG). Attualmente in Italia solo presso il DISEM di Genova e a Messina vengono seguiti i protocolli internazionali della World Professional Association for Transgender Health (WPATH), ex Harry Benjamin Gender Identity Disorder Association (HBGIDA).
In cosa differiscono fondamentalmente i due protocolli? Nell’utilizzo obbligatorio o meno dell’intervento psicoterapeutico per l’autorizzazione all’inizio della terapia ormonale.

Se i protocolli Onig dicono (punto 3 "Iter di Adeguamento":

In considerazione di alcuni effetti irreversibili e delle implicazioni psicologiche legate all'assunzione di ormoni, l'inizio della terapia
ormonale prevede che il cliente abbia instaurato e portato avanti, secondo modalità concordate, una relazione psicoterapeutica di almeno sei mesi. La somministrazione ormonale deve essere subordinata alla valutazione degli specialisti, sentito il parere dello psicologo o psicoterapeuta che ha in carico il cliente. 

Quelli WPATH dichiarano (capitolo 6: psicoterapia con adulti):

La psicoterapia non è un requisito assoluto per la terapia triadica. Non tutti i pazienti adulti richiedono la psicoterapia per acedere alla terapia ormonale, l'esperienza del test di vita reale, ormoni o chirurgia. Il sentire di avere bisogno di psicoterapia varia a seconda dei programmi individuali. Qualora la diagnosi di uno psichiatra raccomandi un percorso psicoterapeutico, lo stesso deve specificare lo scopo del trattamento richiesto e una stima della sua frequenza e durata. Non è richiesto un numero minimo di sedute di psicoterapia per accedere alla terapia ormonale, l'esperienza del test di vita reale o la chirurgia, per tre ragioni: 
1) i pazienti variano enormemente nella capacità di ottenere uno stesso scopo in uno specifico tempo
2) richiedere un numero minimo di sedute tende a costruire un hurdle, che scoraggia la genuina opportunità per una crescita personale
3) lo psichiatra può da solo essere un importante supporto per il paziente durante tutte le fasi della transizione di genere. Caso per caso, lo psichiatra valuta l'eventualità della necessità di un numero minimo di sessioni o mesi di psicoterapia.


La differenza sostanziale fra i due protocolli è che mentre quello italiano preclude in assoluto la possibilità di accedere alla terapia ormonale prima di un periodo minimo di sei mesi di psicoterapia, quello internazionale (mondiale) prevede che la psicoterapia non sia obbligatoria, eventualmente consigliata da uno psichiatra in casi specifici e particolari e senza un periodo minimo di durata della stessa.
I protocolli WPATH, più dei protocolli ONIG si attengono alle indicazioni del DSM IV e dell'ICD 10, nei quali, per la diagnosi (e quindi l'inizio della terapia) è essenziale escludere la comorbilità con altre gravi patologie psichiatriche (che comunque i protocolli WPATH non considerano una controindicazione assoluta, omnia valens) e la presenza di una "sintomatologia" indicata sia dal DSM sia dall'ICD. 

Riassumendo, i protocolli Onig attribuiscono allo psicoterapeuta una sorta di "potere assoluto decisionale" ed inoltre non si adattano alle differenti soggettività che si rivolgono alle strutture. Richiedere sei mesi per tutti è in molti casi una prassi diagnostica inutile che serve solo a "mantenere" privilegi di casta agli psicoterapeuti.
Attualmente tali protocolli, sono stati concordati fra strutture e Associazione, al Centro DISEM di Genova ed a Messina.